بعد أربعة عشر عامًا من التأثير الثالث ، يوقظ شينجي إيكاري إلى عالم لا يتذكره.لم يبلغ من العمر.تم وضع جزء كبير من الأرض في حالة خراب ، وقد تم تفكيك Nerv ، وقد تحول الأشخاص الذين قاموا بحمايتهم ذات يوم.عند إقامة صداقة مع Kaworu Nagisa الغامض ، يواصل شينجي القتال ضد الملائكة ويدرك أن القتال لم ينته بعد ، حتى عندما يكون ضد حلفائه السابقين.تستمر نضالات الشخصيات وسط المعارك ضد الملائكة وبعضها البعض ، حيث تتصاعد إلى ما يمكن أن يكون نهاية العالم حتماً.