مع مدينة أتلانتس التي اكتشفت في Pegasus Galaxy من قبل Stargate Command ، يقود الدكتورة إليزابيث وير والرائد شيبارد رحلة علمية إلى المدينة المهجورة القديمة.بمجرد الوصول إلى هناك ، لم يجد الفريق أنفسهم غير قادرين فقط على الاتصال بـ Earth ، ولكن استكشافهم قاموا بتعيين أعداء القدماء المميتين بشكل غير متوقع ، The Wraith ، الذين الجوع في هذه الفريسة الجديدة.الآن بمساعدة الحلفاء المحليين الجدد مثل Teyla Emmagan ، بدأ فريق Atlantis على وشك الكشف عن أسرار منزلهم الجديد حتى مع بدء حربهم ضد Wraith.